สถานีรถไฟบางปะอิน เป็นสถานีรถไฟชั้นที่ 1(1ใน103สถานี) สังกัดกองจัดการเดินรถที่ 1 แขวงการเดินรถกรุงเทพและปริมณฑล การรถไฟแห่งประเทศไทย กระทรวงคมนาคม โดยก่อนหน้านั้นเป็นสถานีรถไฟชั้นที่ 2 แต่ได้ถูกปรับให้ยกสถานะเป็นสถานีรถไฟชั้นที่ 1 เมื่อวันที่ 15 มีนาคม 2555(โดยรับรางวัล Smart Station)
สถานีรถไฟบางปะอินเปิดใช้ตั้งแต่สมัยรัชกาลที่ 5-ปัจจุบัน โดยยังคงสภาพและเอกลักษณ์ความเก่าแก่ไว้คงเดิม จุดเด่นของสถานีบางปะอินอยู่ที่การมีพลับพลารับเสด็จในการพระราชดำเนินของพระสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว สมเด็จพระบรมราชินีนาถและพระบรมวงศานุวงศ์ นับแต่รัชสมัย รัชกาลที่ 5-ปัจจุบัน
สถานีรถไฟบางปะอินเปิดให้บริการในการเดินรถทุกวัน วันละ 38ขบวน ทั้งรถไฟฟรีเพื่อประชาชนและรถไฟคิดค่าอัตราโดยสารตามปกติ ด้วยสภาพแวดล้อมที่ใกล้โรงเรียนและรถไฟช่วงเช้าเป็นรถไฟเที่ยวล่องเข้ากรุงเทพเหมาะแก่ผู้จะไปทำงานในเมืองหลวงจึงทำให้สถานีรถไฟบางปะอินมีผู้โดยสารหนาแน่น เฉลี่ยประมาณ วันละ 500 -700คน